Още от предната година, когато в Париж се взема решение следващият теософски конгрес да се проведе в Мюнхен, Щайнер заедно с Мария фон Сиверс и мюнхенските съмишленици около Софи Щинде и графиня Паулине фон Калкройт започват подготовката за него. В Мюнхен се представя освен всичко друго и първообразът на съвременния розенкройцерски храм, който по-късно ще бъде осъществен в Дорнах. 

В баварската столица в началото на ХХ. век живеят редица известни представители на литературата и живописта - Райнер Мария Рилке, Щефан Георге, Йоахим Рингелнац, Рикарда Хух, Василий Кандински, Габриеле Мюнтер, Паул Клее. Градът е средище на културата и изкуството и там е трябвало да бъде създаден центърът за новото течение на теософията, чиито свръхсетивни водачи са западните духовни учители Християн Розенкройц и Учителя Исус за разлика от Теософското общество на Ани Безант с център Адияр-Индия, опиращо се на източните учители. Щайнер иска да постави Христос в центъра на теософията и така влиза в конфликт с Ани Безант и кръга около нея.

Представа за значението на мюнхенския конгрес (на който от българска страна присъства теософът Софроний Ников) дава книгата на Петер Селг “Оставам с Вас” - Рудолф Щайнер и Ита Вегман” (Дорнах, 2007). В нея се цитира писмо на Щайнер до руската окултистка Анна Минцлова, на която той пише на 26.3.1907: “... сега се намираме в труден момент не само за напредъка на Теософското общество, но и за духовния живот като цяло. Много тъмни сили работят за унищожаването на най-честните окултни стремежи, които са толкова необходими за спасението на човечеството в настоящето. За момента моята уста трябва да остане затворена за много по-дълбоките основи на борбата, която се води зад кулисите. Това може да бъде ужасна битка и ние ще трябва да се изправим с отворени очи пред това, което идва.”

Пред Ита Вегман, също участничка в конгреса, стои въпросът кой от двата пътя да избере - дали този на Ани Безант, който следват холандските делегати или пътя на Рудолф Щайнер, когото тя е срещнала пет години по-рано. Щайнер иска да чуе лично от нея какво решение е взела и моли да я повикат. В чернова на своя лекция от 1933г., цитирана от Селг, Ита Вегман пише за съдбовния разговор между нея и Щайнер: “През 1907 г. в Мюнхен се проведе голям теософски конгрес, за който бяха дошли всички важни теософски членове. Ани Безант също присъстваше. Беше забележимо как той (Рудолф Щайнер) тръгна по други пътища от тези на Ледбитер и Безант и сред нейните приятели цареше голямо вълнение. Обсъждаха подробно по какъв начин Рудолф Щайнер получава своите изумителни знания за свръхсетивния свят - знания, до които те не можеха да стигнат. И когато Рудолф Щайнер заяви пред самата Ани Безант, че е получил познанията си за лунната сфера от слънчевата сфера с будно съзнание, този негов език се възприе като еретичен, горд и своеволен. Стана така, че поради връзките ми с холандските приятели, сред които възбудено се обсъждаше случаят Щайнер, първо се срещнах с Ани Безант. Малко след това той ме извика. Знаех, че ще настъпи решаващ момент в живота ми; трябваше да избера или да тръгна изцяло по пътя на Рудолф Щайнер и да го последвам, или да остана с моите холандски приятели. Рудолф Щайнер ме прие много сериозен, с изпитателен поглед. Не говорихме много, разбирахме се добре без думи. Аз просто казах, защото почувствах, че нещата са ясни: “Оставам с Вас.” Тогава погледът му засия, той ме хвана за ръката, направи знака на Михаил и ми каза важни неща, които нямам право да повтарям. Беше подновена древната карма, съществуваща между него и мен. Едва много години по-късно проумях важността на тази среща”.

Щайнер сам проектира оформлението на залата в Мюнхен. Пред сцената  се намират бюстове на Шелинг, Хегел и Фихте, с което той иска покаже, че стъпва на традициите на немския идеализъм. Стените и таванът са покрити с червен плат, но не крещящ, а в мек нюанс, който действа успокоително. Това настоение се подчертава от разположените в залата различни пластики, както и от седемте картонени колони, между които на стените са окачени седем кръгли картини, изобразяващи седемте апокалиптични печата. 

                       

                            Част от делегатите, сред тях Щайнер и Мария фон Сиверс
 

Апокалиптичните печати са нарисувани от Клара Ретих по указания на Щайнер, а седемте колони между тях, чиито капители представят планетните фази на еволюцията, са дело на Карл Щал. При създаването на апокалиптичните печати Рудолф Щайнер се опира на печатите, поместени в книгата “Догма и ритуал на висшата магия” на френския окултист Елифас Леви (1810 -1875). 
                     
                         Печатите на Елифас Леви...

      
       
                                           ... и тези на Клара Ретих

В Мюнхен печатите са изложени в посока, обратна на часовниковата стрелка - отляво са двата първи печата, в средата следващите три, а отдясно са последните два.

За оформлението на залата Щайнер пише в автобиографичната си книга “Моя жизнен път”: “Художествената обстановка и духовната дейност трябваше да се обединят пространствено в едно хармонично цяло. Най-голяма стойност отдадох на това да се избегне абстрактната нехудожествена символика, за да може художественото усещане да намери своя израз. В програмата на конгреса беше включено представление. Мария фон Сиверс отдавна вече беше превела възстановката на елевзинската драма на Едуард Шуре. Аз я пригодих за сценична постановка в езиково отношение. Тази драма включихме в програмата. Благодарение на това беше направена връзка, макар и все още в слаба форма, със същността на древните мистерии, но главното беше, че конгресът придоби художествен аспект, свидетелстващ за намерението от сега нататък духовният живот в Обществото да не се оставя без художествен елемент.”

На конгреса изнасят доклади Ани Безант, Михаел Бауер, Карл Унгер, Елиза Волфрам и Рудолф Щайнер. На 19.5. той говори за розенкройцерското посвещение като подходящо за западния човек, започвайки с мисъл на Хегел и завършвайки с цитат от Гьоте. На следващия ден изнася лекцията “Планетарната и човешката еволюция”, а на 21.5. обяснява оформлението на залата.

За реакцията на международната публика Щайнер пише в своята автобиография: “Голяма част от старите членове на Теософското общество от Англия, Франция и особено от Холандия изпитваха вътрешно недоволство от нововъведенията, предложени им на Мюнхенския конгрес. Това, което щеше да е добре да се разбере, но тогава малцина схванаха ясно, беше, че с антропософското течение се дава нещо със съвсем друга вътрешна насоченост от тази, която имаше Теософското общество дотогава. В тази вътрешна насоченост се заключаваше истинската причина за това защо Антропософското общество повече не можеше да продължава да съществува като част от Теософското. Мнозинството обаче придаваше по-голямо значение на абсурдните ситуации, които с течение на времето се бяха появили в Теософското общество и които бяха довели до безкрайни разпри.” 

Тези изречения, написани на смъртния одър, са последните от недовършената му автобиография. Щайнер възнамерява да продължи в същия дух и на следващия конгрес в Генуа, заплануван за септември 1911г. Но Ани Безант, искайки да осуети това, отменя конгреса. Така се стига до основаването на Антропософското общество на 28.12.1912 и до окончателното разделяне на антропософията от теософията.